论文
Microbiomes in the Challenger Deep slope and bottom-axis sediments
https://www.nature.com/articles/s41467-022-29144-4#code-availability
对应代码链接
https://github.com/ucassee/Challenger-Deep-Microbes
论文里提供了大部分图的数据和代码，很好的学习材料，感兴趣的同学可以找来参考，今天的推文重复一下论文中的Figure3b
示例数据集部分截图
image.png
读取数据
dat01<-read.delim("data/20220602/NC_Figure3b.txt",
header=TRUE,
check.names = FALSE,
sep="\t",
stringsAsFactors = TRUE)
head(dat01)
table(dat01$Group)
dat01$gene<-factor(dat01$gene,
levels = dat01$gene)
作图代码
library(ggplot2)
library(scales)
ggplot(data=dat01,aes(x=gene,y=mean_value,color=Group))+
geom_pointrange(aes(ymin=min_value,ymax=max_value),
show.legend = FALSE)+
scale_y_continuous(trans = log10_trans()
,breaks = trans_breaks("log10", function(x) 10^x),
labels = trans_format("log10", math_format(10^.x)))+
scale_color_manual(values=c("#BB3D00","#6F00D2","#D9006C",
"#005AB5","#00DB00","#3D7878","#D9B300"))+
theme_bw() +
theme(panel.background=element_rect(fill="white",colour="black",size=0.25),
axis.line=element_line(colour="black",size=0.25),
axis.title=element_text(size=13,face="plain",color="black"),
axis.text = element_text(size=10,face="plain",color="black"),
axis.text.x = element_text(angle = 60, hjust = 1, vjust =1),
#legend.position="none"
)+
labs(x=NULL,y="TMP of genes")
image.png
示例数据和代码可以在公众号后台留言20220610获取
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