和一般顺序不一样，先利用PyMOL进行可视化。后面再发autodocak vina进行分子对接。
PyMOL的安装略过。
1 导入蛋白和配体文件。
因为这部分是师范PyMOL的可视化，所以直接导入现成的。（如果得到自己的对接分子，后面说）。
就先从PDB导入，以8a27为例。
PDB导入文件
.
8A27
要具体知道结构中的具体成分，
image.png
默认的序列显示模式是氨基酸一字缩写符，自己可以更改，比如
Display-Sequence Mode-redidule name
residule name
点击上面的某个部分 就会在图中被选中，也可以执行删除操作
2 界面基本操作和命令说明
2.1 鼠标
左键旋转
中间滚轮拖曳
右键缩放
2.2 右边的操作界面
image.png
PyMOL的操作本质是图层操作。
A：action 发出的一些操作命令。像复制，重命名，寻找，呈现等。
action
S：show 显示
各种显示方式，操作的总体外观这里控制。
image.png
H:hide隐藏
和S映衬
image.png
L label标注标签
对残基等进行标记
image.png
C ：color颜色
改变颜色
image.png
3 删除水分子
有三种方法
1 A中命令
删除水分子
2选中sequence中的水分子符号 选中删除
3个EDO分子也同时删除了
3
image.png
接下来任务就是展示配体小分子和蛋白受体的结合形态和位点，具体氨基酸名字及距离。如果要做的漂亮点就得多建立几个图层，也方便操作。这里多展示几个，切记不是越多越好，但找到合适结合形态的完美展示很重要。因为PyMOL基于图层操作，所以到时多做几个供选择。这里主要是熟悉不同的展示形态。
4 受体
鼠标单击选择Chains，然后再途中多肽链上左键选中
image.png
image.png
因为是要对选中的部分进行操作所以
image.png
image.png
右侧多了个obj01
选择A-rename object进行重命名，pro-surface
选中这个图层（暂且叫图层吧）的S-Surface然后
H-cartoon
接下来改变颜色和透明度
image.png
透明度改变
image.png
如果这里你显示的和我这个不一样，那看看右侧的图层，这个时候应该是只显示pro-surface这个图层，多选择了就叠加了。
另外，如果不是单独的你想要的显示，这个时候要Hide cartoon，下面同理。
同样，我们再复制1个图层
pro-dot
现在有了
这样的效果
那接下来要找到配体和受体结合的位点并显示出来
5 配体
选中配体
image.png
image.png
接下来要知道是哪个氨基酸残基
右下角-Chains-鼠标选中图中多肽链
然后sele图层S-lines
看起来很乱，没关系，放大图，旋转
image.png
找到上面显示的黄色的氢键连接的氨基酸残基
左键选中
此时可以建立一个新图层
命名interaction1
chains部分选择mesh展示
现在的显示大概这样
image.png
右侧面板的图层
image.png
标记并测距
选择chains，lebel，residules
主菜单Wizard-measurement测距
image.png
image.png
image.png
image.png
